研究所实行学术委员会和所务委员会双重领导下的“研究所-实验室-课题组”三级模式管理，实行依托单位领导下的所长负责制。学术委员会为研究所的学术管理机构，设主任1人，副主任2人，委员若干人。所务委员会为研究所的行政管理机构，设所长1人，负责研究所的全面工作；另设副所长2人，协助所长进行研究所的日常管理。研究所下设纳米材料、城市环境生态、城市环境管理、环境修复等四个实验室，各设实验室主任1人，负责本实验室研究方向的凝练、项目课题管理及实验室仪器管理，为科研工作提供技术支撑。各实验室根据研究任务由项目承担者优化组建若干课题组，承担具体的研究工作。